Le contrôle qualité est un élément essentiel de la réussite de Constances car il est crucial que les données qui feront l'objet d'analyses pour la recherche soient rigoureusement validées, particulièrement dans le contexte d'un projet « multicentrique » où les personnes volontaires peuvent effectuer un examen dans une vingtaine de Centres différents : il faut faire en sorte que le résultat des examens pratiqués soit strictement comparable, quel que soit le Centre où ils ont eu lieu. Idéalement, la même personne qui passerait le même jour un examen de santé à Lille, Marseille ou Bordeaux, devrait avoir exactement les mêmes résultats.
Le contrôle qualité dans Constances est assuré à différents niveaux. Les Centres d'examens de santé sont tous certifiés et pratiquent au quotidien les vérifications et étalonnages nécessaires des équipements utilisés. Ils souscrivent également à des contrôles qualité systématiques. Pour Constances, le contrôle qualité est renforcé pour le bilan paraclinique, le bilan cognitif et l'ensemble du circuit du volontaire, qui est vérifié et monitoré régulièrement par des attachés de recherche en épidémiologie de la société ClinSearch, qui assure également la formation régulière du personnel des Centres au protocole de réalisation de l'examen Constances.
Pour la partie biologie, la société ClinSearch effectue également une vérification des conditions techniques des analyses; de plus, des contrôles qualité externes sont réalisés par les sociétés Asqualab et Eurocell. Ces sociétés sont toutes sous contrat de marché public.