Au cours du mois de mai 2021, 15 000 volontaires de Constances ont reçu un courrier leur proposant de participer à la recherche POPGEN, portée par le plan France Médecine Génomique 2025. Objectif : constituer une base de référence nationale sur les variations génétiques de la population française pour aider à la prise en charge des patients.
Vous pouvez peut-être vous étonner du lancement de cette recherche au moment où la pandémie de COVID imposait de nouvelles restrictions. Or, l’étude était planifiée depuis longtemps et il était difficile d’en différer le lancement sans prendre un retard considérable. En effet, même dans cette période difficile, il est important que la recherche, et pas seulement celle en lien direct avec l’épidémie, ne s’arrête pas.
Cette étude va permettre d’aider au diagnostic des maladies rares qui constituent un important problème de santé publique. Il existe en effet plus de 7 000 maladies rares qui, en France, touchent au total plus de 3 millions de personnes et sont responsables de 10 % des décès entre 1 et 5 ans. Aujourd’hui, seule une personne atteinte de maladie rare sur 2 dispose d’un diagnostic précis. Ce diagnostic n’est souvent obtenu qu’après des examens longs et coûteux responsables d’une errance diagnostique.
Le plan France Médecine Génomique 2025 dans lequel s’inscrit le projet POPGEN vise à réduire cette errance diagnostique en introduisant le recours au séquençage du génome dans le parcours de soin.
Pour cela, nous avons besoin de décrire les variations génétiques qui existent dans la population générale de manière à pouvoir éliminer des analyses des génomes des patients les variations fréquentes qui ne sont donc pas en lien avec la maladie. En effet, lorsqu’on séquence le génome d’un patient, ce sont plusieurs millions de variations qu’on identifie ! Et parmi ces millions de variations, il nous faut trouver celle qui peut expliquer la maladie. C’est vraiment comme chercher une aiguille dans une botte de foin !
Heureusement, beaucoup de ces variations vont pouvoir être d’emblée éliminées de l’analyse parce qu’on les trouve fréquemment dans la population générale. Encore faut-il disposer d’une base de données répertoriant ces variations et leurs fréquences sur le territoire français. Et c’est là que Constances et le projet POPGEN entrent en jeu, en permettant de constituer cette base de référence nationale à partir de données de 15 000 volontaires Constances qui ont été choisis sur la base des lieux de naissance de leurs ascendants (parents et grands-parents) renseignés dans le questionnaire annuel 2019, et ce de manière à couvrir tout le territoire en respectant la démographie française métropolitaine.
Les 15 000 volontaires sélectionnés ont reçu à leur domicile un courrier contenant les documents d’information sur la recherche, 2 exemplaires d’un formulaire de consentement, ainsi qu’un kit d’auto-prélèvement salivaire. Les volontaires sont bien entendu libres de participer. L’auto-prélèvement salivaire consiste à cracher dans un tube, selon les modalités précisées dans la vidéo du fabricant du kit (DNAgenotek).
L’ADN présent dans l’échantillon salivaire sera extrait au Centre Ressource Biologique (CRB) de la Fondation Jean Dausset – Centre d’Etude du Polymorphisme Humain (CEPH), puis séquencé au Centre National de Recherche en Génétique Humaine (CNRGH). L’analyse des données génétiques et la « création » du futur outil d’aide au diagnostic seront réalisées par l’équipe du Dr Emmanuelle Génin, qui a déjà collaboré avec la cohorte Gazel, « la petite GRANDE sœur de Constances ».
En plus de cet apport pour la future santé de tous, POPGEN permettra de décrire « le paysage génétique » français en visualisant les variations à l’échelle nationale, régionale, voir départementale et plus encore. Avec cet état des lieux, l’objectif sera d’essayer d’expliquer ces variations aux moyens des données historiques, géographiques ou encore culturelles.
Cette recherche et la réalisation de ses objectifs ne pourront être menées à bien sans l’implication sans faille des volontaires Constances. Nous remercions d’avance les volontaires qui accepterons de participer.
Si vous souhaitez avoir plus d’informations sur la recherche POPGEN, vous pouvez consulter la page dédiée à la recherche POPGEN ainsi que celle du plan France Médecine Génomique.